https://bugs.ruby-lang.org/issues/2542
はっきりした理由は書いてないけど
RFC2396自体がobsoleteになって新しくRFC3986/3987対応のregex考えるの大変だから
URI.extract/URI.regexpはobsoleteになったように見える

なので今の仕様で問題ないなら使えばいいんじゃないかって気がする
warningを避けたいならURI::DEFAULT_PARSER.extractを直接使ってもいいけど中身は同じ
もう少しちゃんとしたのがよければtwitter-textのExtractor.extract_urls